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尊龙凯时PCR平端连接法介绍

发布时间:2025-02-12   信息来源:尊龙凯时官方编辑

尊龙凯时的实验原理:平头连接是一种将制备好的平头载体与经过处理的PCR产物直接进行连接的方法。在此过程中,载体可以使用EcoRV或SmaI进行平头切割。对于PCR产物,通常在22℃下用DNA聚合酶I作用30分钟进行纯化,利用该酶的3’→5’外切酶活性以及5’→3’的聚合酶活性。如果连接要求不高,PCR产物也可直接用于连接。特别是如果使用尊龙凯时的pfuDNA聚合酶或New England Biolabs公司的VentDNA聚合酶,这两种酶具有5’→3’的校对能力,生成的PCR产物已经是平头,因此无需额外处理。尽管平头连接效率通常较低,即使高质量的连接酶或反应体系中加入PEG8000也难以显著提升效率。

尊龙凯时PCR平端连接法介绍

通常情况下,PCR产物可以直接与平端载体DNA连接,但其连接效率较低。其中,TaqDNA聚合酶具有非模板依赖的末端转移酶活性,可以在DNA链的3'末端附加一个额外的碱基,导致PCR产物形成3'突出一个碱基的DNA分子,从而降低连接效率。为提高连接效率,可以增加T4DNA连接酶的用量。对于较短的PCR产物,可以用PUS19的HincⅡ位点进行克隆,使用X-gal和IPTG筛选通常可以得到充足的重组子。另一种提高克隆效率的办法是用Klenow大片段或T4DNA聚合酶去除3'末端突出碱基,将PCR产物转换为平端DNA,然后再进行平端连接克隆。

尊龙凯时实验步骤详述如下:

一、PCR反应

1. 依次混匀以下试剂:(1) H2O:35μl, (2) 10×PCR反应缓冲液:5μl, (3) 25mmol/L MgCl2:4μl, (4) 4种dNTP:4μl, (5) 上游引物(引物1):0.5μl, (6) 下游引物(引物2):0.5μl, (7) 模板DNA(约1ng):0.5μl。混匀后离心5秒。

2. 将混合物在94℃下加热5分钟,随后冰冷,快速离心数秒。接着加入TaqDNA聚合酶(0.5μl约25U),混匀后稍微离心,并在反应混合物上覆盖一滴矿物油。

3. 按照反应条件,进行PCR扩增:94℃变性1分钟,45℃退火1分钟,72℃延伸2分钟,重复35轮,最后一轮结束后,保持在72℃下10分钟以确保反应产品的充分扩增。

二、电泳分析

取10μl扩增产物,使用1%琼脂糖凝胶进行电泳,检查反应产物及其长度。

三、PCR产物的纯化

扩增的PCR产物可以直接用于尊龙凯时的T-Vector克隆。如果使用平末端或粘性末端连接,通常需将产物纯化。

1. 酚/氯仿法:(1) 取反应产物加100μl TE; (2) 加等体积氯仿,混匀后用微型离心机10000rpm离心15秒,收集上层水相; (3) 重复二次抽提。 (4) 在水相中加300μl95%乙醇,置于-20℃冷藏30分钟进行沉淀; (5) 10000rpm离心10分钟后,去除上清液。加入1ml 70%乙醇进行洗涤,重复两次。将沉淀溶于7ml ddH2O中备用。

2. WizardPCR DNA纯化系统:该系统能够快速有效地提取PCR扩增液中的DNA,提纯后的DNA可用于基因测序、标记和克隆等实验。该系统包括50次PCR产品纯化所需的试剂和柱子。

四、载体加dT尾

1. 将1μg pUC19用SmaⅠ全酶切。2. 根据PCR反应的步骤,将4μl 4种dNTP更改为4μl 25mM dTTP。3. 加入1μl(5U)的TaqDNA聚合酶,72℃反应2小时。4. 采用前述的酚/氯仿抽提。5. 加入2倍体积的95%乙醇,在-20℃沉淀1小时。6. 离心后,用70%乙醇漂洗并真空抽干,最后溶解于10ml ddH2O中。

五、PCR产物与载体的粘末端连接

1. 在7ml PCR产物中加入1ml带dT尾的pUC质粒。2. 加入1ml T4DNA连接酶和1ml 10×连接缓冲液,混匀后在16℃下连接过夜。3. 取5ml连接产物转化感受态细胞并筛选重组子。

六、PCR产物3'突出端切平及平末端连接

1. 在50ml PCR产物中,直接加入0.5ml T4DNA聚合酶混匀。2. 37℃反应10分钟,随后在70℃灭活10分钟。3. 进行两次酚/氯仿抽提。4. 进行乙醇沉淀,沉淀用70%乙醇漂洗后真空抽干,溶于7ml ddH2O中。5. 将质粒用SmaⅠ酶切后,70℃灭活酶15分钟,取1ml(约0.1mg)加入PCR产物中,加入T4DNA连接酶1ml和连接缓冲液1ml。6. 取5ml连接产物转化感受态细胞并筛选重组子。

注意事项

1. PCR反应液可直接用于连接,然而,最好先纯化PCR产物,以去除可能影响连接的成分,浓缩产物。2. PCR反应需在无菌操作台进行,以避免污染。3. 吸头和离心管应高压灭菌,使用一次即弃以防交叉污染。4. 每次加试剂前应短暂离心10秒,同时打开管盖前要注意手套是否污染。5. 设置负对照,包含除模板DNA之外的所有成分。6. 纯化树脂在使用前需充分混匀。7. PCR产物中应尽量去除矿物油,以提高DNA提取的产量。